Connaissant l'extrême difficulté de la langue navajo, Philip Johnston, un ingénieur installé à Los Angeles, eut l'idée que cette langue, ou une autre langue indienne, pourrait être utilisée comme un code pratiquement incompréhensible. Si chaque bataillon du Pacifique était doté d'une paire d'indigènes comme opérateurs radio, la sécurité des communications serait garantie. Il parla de son idée en 1942 au lieutenant-colonel James E. Jones, officier des transmissions à Camp Elliott, juste à côté de San Diego. Quelques exemples de phrase navajo suffirent à persuader l'officier médusé que l'idée méritait considération. Après une évaluation plus poussée, le rapport officiel fut le suivant:

Le codage en langue navajo avait pourtant un défaut majeur: cette langue n'offre pas d'équivalent au langage militaire moderne. Afin d'éviter les ambiguïtés, les marines décidèrent d'établir un lexique de mots navajos pour remplacer les termes anglais autrement impossibles à traduire. Les premiers stagiaires Navajos aidèrent à rédiger le lexique, ils incitèrent à choisir des mots propres au milieu naturel pour exprimer les termes spécifiquement militaires. Ainsi des noms d'oiseaux remplaçaient les types d'avion, les poissons étaient substitués aux bateaux. Restait le problème de la traduction de mot imprévu et de noms de personne ou de lieu. On convint donc de créer un alphabet pour épeler les mots difficiles.
L'impénétrabilité du code navajo est due à l'appartenance du navajo la famille des langues Na-Dene, qui n'a aucun lien avec une quelconque langue européenne ou asiatique. Un verbe, par exemple, n'est pas conjugué seulement en accord avec son sujet, mais aussi avec son complément d'objet. La terminaison du verbe dépend de la catégorie à laquelle appartient son complément d'objet : long (une pipe, un crayon), souple et flexible (à serpent, une dernière), granuleux (le sucre, le sel). On incorpore aussi les adverbes dans le verbe, et on prend en compte si la personne qui parle a expérimenté elle-même ce qu'elle dit ou si elle ne l'a appris que par ouï-dire. Finalement, un simple verbe peut valoir toute une phrase, ce qui rend impossible, pour des étrangers, d'en saisir la signification.
En tout, 420 Navajos étaient employés au code. Bien que leur bravoure au combat fut reconnue, leur rôle particulier pour la sécurité des communications était un secret militaire. Ce n'est qu'en 1968 que le code navajo fut libéré du secret et, l'année suivante, les radio-codeurs se retrouvèrent pour la première fois. Puis, en 1982, le gouvernement américain institua en leur honneur, à la date du 14 août, la journée nationale des radio-codeurs navajos. Le plus grand hommage qu'on puisse leur rendre est de rappeler que c'est l'un des rares codes de l'histoire à n'avoir jamais été brisé.

Les tableaux ci-dessous montrent les termes créés par les premiers Navajos enrôlés dans la Marine Corps Communication School située à Camp Elliott. On y ajouta ensuite plus de 200 nouveaux termes. Les (?) signalent des hésitations dans la traduction française.